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Le scanner a cet avantage par rapport à la radiographie d'éviter la superposition des structures. C'est également ce mode d'acquisition d'images en "coupes" successives qui justifie la nécessité que l'animal reste strictement immobile pendant la durée de l'examen (quelques minutes) et soit donc anesthésié.
De nombreuses structures n'étant pas "radio opaques", l'injection d'un produit de contraste peut-être nécessaire pour mieux les visualiser. C'est notamment le cas lorsqu'on veut examiner la moelle épinière, on parle dans ce cas de myélographie.